Organizarea procesului de instruire este descrisă în Regulamentul de activitate a Şcolii de Management în Sănătate Publică.

Procesul de instruire constă din module de bază (discipline fundamentale şi speciale), module elective (opţionale la solicitarea audienţilor), stagiu practic şi susţinerea tezei de master.

Studiile de masterat se organizează pe perioada de 2 ani, incluzînd 10 sesiuni (2 săptămâni instruire la zi câte 108 ore) de cursuri intensive (total 1080 ore) şi instruire la distanţă (bazată pe web), modalitate care permite persoanelor să studieze, fiind totodată implicate şi în activitatea profesională. Perioada de instruire se include în stagiul de muncă medical.

În perioada dintre sesiuni, audienţii vor studia individual temele recomandate, vor pregăti prezentări pentru următoarea sesiune, vor desfăşura activitatea de cercetare ştiinţifică. Evaluarea cunoştinţelor se realizează tradiţional şi prin testare on-line prin intermediul paginii Web.

Pe parcursul perioadei de instruire, audienţii vor beneficia de săli de studii, centru informaţional al ŞMSP (dotat cu utilaj modern), de o bibliotecă bogată cu literatură de ultimă oră din domeniu, precum şi de toate edificiile USMF „Nicolae Testemiţanu” destinate procesului de instruire.

Cursurile vor fi susţinute de profesori ai USMF „Nicolae Testemiţanu”, specialişti profesionişti din domeniul sănătăţii publice (Ministerul Sănătăţii, centrele ştiinţifico-practice de profil), experţi de peste hotare, reprezentanţi ai organizaţiilor internaţionale (OMS, UNICEF etc.).

Numărul total de credite acumulat pe parcursul a 2 ani de studii este de 120 de credite, ceea ce este în corespundere cu standardele internaţionale, şi permite recunoaşterea echităţii modulelor în schema naţională şi internaţională de instruire.

Evaluarea cunoştinţelor şi a deprinderilor practice a audienţilor programului de masterat va include următoarele forme:

- examinare în scris (teste cu grilă, eseu)

- prezentare orală (conform unor teme repartizate reieşind din programele analitice ale disciplinelor, prezentarea unui bussines plan, prezentarea unui proiect)

- evaluare asistată la calculator, conform unui program existent pe pagina web a ŞMSP.